يتميز مناخ الأقاليم الصحراوية بضعف كمية الأمطار المتساقطة. ومما ساعد على ذلك عدم وجود تضاريس حقيقية ، وهبوب رياح الأليزي بموازاة مع الساحل بالإضافة إلى استقرار الدورة الهوائية ، وعموما   فمناخ الأقاليم الصحراوية يعتبر من ألطف وأرحب الصحاري الأفريقية ، فمناخها جاف ، حار أثناء النهار ، وبارد في السماء ، ويتغير حسب الدرجات والقرب أو البعد من المحيط الأطلسي .

فالحرارة تتصاعد وترتفع كلما اتجهنا نحو الشرق ، والأيام المشمسة كثيرة على مدار السنة ، بحيث تصل بسهولة إلى 3000 ساعة في السنة. أما درجات الحرارة المتوسطة، المسجلة في هذه الجهة، فتتغير حسب الفصول. ففي الشتاء، تتراوح درجة الحرارة المتوسطة ما بين 10و11 درجة أما في الصيف فتبلغ 47 درجة..

وبالنسبة للأمطار، فإنها تتأثر بالتقلبات الجوية للمحيط الأطلسي. وهي نادرة جدا ولا تتجاوز 60 ملم في السنة. كما أن التساقطات لا تستمر إلا مدة قصيرة. وهي غير منتظمة وعنيفة و عاصفية.

فالجهة الوسطى مثلا تتلقى 11 ملم سنويا في حين أن مدينة العيون تصل بها التساقطات إلى 40 ملم كل سنة و مع ذلك يلاحظ في السنين الأخيرة تساقط كميات مهمة من الأمطار أعطت الحياة للأرض و الأمل للفلاحين و لمربي الماشية الذين اغتنموا هذه الفرصة المباركة لتوسيع مجال نشاطهم و يظهر تأثير البحر جليا في الرطوبة النسبية التي يعرفها الجو حيث يكثر الضباب ، ففي طرفاية يدوم الندى 24 يوما في السنة و في الذاخلة يدوم 33 يوما في حين لا يتعدى يومان في السمارة

وتؤثر الرطوبة بصورة مباشرة على الحرارة، فكلما ابتعدنا عن الساحل يرتفع المدى الحراري السنوي ففي حين يبلغ 16 على الساحل نجده في السمارة يبلغ 24 و على حافة البحر  تتراوح الحرارة بين 12 كمعدل لشهر يناير و 28 كمعدل لشهر يوليوز و في الذاخل تتراوح بين 6الى 8 و 32 درجة و رغم موقعها في نفس خط الصحراء الوسطى الشديدة الجفاف فان الصحراء المغربية يمتاز ساحلها الصحراوي بمناخ الطف .

اما الاختلافات بين الفصول فيحددها نسبة الاشعاع اليومي التي تتراوح بين 4.5 كوط في فصل الشتاء و 7 كوط في فصل الصيف .

 و على مستوى المياه. تعتبر هذه الجهة جافة، ولا توجد بها مجاري مائية دائمة التدفق، باستثناء فيضانات دورية للأودية مثل الخط، اساغ، لكرع، شلووا، الفايض، عويليتيس، وبالخصوص واد الساقية الحمراء، الذي شيد عليه سنة 1995، سد الساقية الحمراء، من اجل اختزان مياه الفيضانات. وتصل سعته إلى 110.000.000 م3 وعلوه إلى 15م. فاللجوء إلى الموارد الجوفية يعد ممارسة قديمة بالمناطق الجافة،فهي نقط التقاط مربي الماشية والرحل فيما بينهم حول الآبار.

إن ندرة المياه العذبة في هذه الأوساط الجافة تشهد لصالح اقتصادها، الذي يمر أيضا عبر محاربة التبذير ،بما أن الماء هو مورد وغير قابل للتجدد. ورغم الجهود المبذولة من طرف الدولة، فان الماء يزداد ندرة، كلما تطورت الساكنة والتعمير والصناعة والفلاحة بطريقة عشوائية. وهو الشيء الذي سيؤدي، في المستقبل القريب إلى نقص خطير، سيتضح عندما تتجاوز الحاجيات الاحتياطات المحدودة للجهة.

وسيصبح الماء في المدى القصير،مشكلا مقلقا بشكل دائم في هذه المنطقة الجافة. إن هذه الفرشات المائية الأكثر تعرضا للاستغلال في هذه الجهة تعد على الأصابع. كما أن أغلبها شديد الملوحة، بنسب تتراوح ما بين 2غ/ ل و9غ/ل. وتشكل هذه الفرشات المائية أهمية كبرى بالنسبة للموارد للجهة ككل. كما أن إمكانية هذا المورد موزعة على 9 فرشات مائية. وتتراوح جودة المياه نسبيا من فرشة إلى أخرى، ولكن فرشة فم الواد هي الفرشة الواحدة ذات المياه العذبة المتواجدة في الجهة.

إن هذه الفرشة التي تستغل للسقي ولتزويد مدينة العيون بالماء الصالح للشرب، قد ظهرت قرب مصب واد الساقية الحمراء، وتحت التلال الرملية. وتغطي مساحة قدرها 90كلم²، وتتغذى هذه الفرشة عبر واد الساقية الحمراء، الذي يصرف كل خمس سنوات حجما مهما من مياه الفيضانات.

أما فيما يخص الفرشة العميقة، فهي تغطي الجزء الغربي من الأقاليم الصحراوية )العيون, بوجدور, الداخلة الخ...( على مساحة تقدر ب90.000 كلم² و تستغل في جماعات الحكونية الدشيرة و بوكراع عن طريق التنقيب. و يتراوح عمقها ما بين 500 و 750م. وتصل ملوحة الماء المستخرج منها إلى 2.6 غ/ل