يلعب قطاع الصحة إلى جانب القطاعات الأخرى دورا هاما في التنمية الاجتماعية   بفعل الخدمات التي يقدمها في ما يخص التغطية الصحية الشاملة. فالبنيات التحتية المتوفرة بالأقاليم الصحراوية تعرف تزايدا ملحوظا بفعل المجهودات التي تبذلها الدولة في هذا المجال .

إن الأبعاد التي اتسمت بها السياسة الصحية منذ سنة 1976 في الأقاليم الجنوبية ، تتجلى أولا من خلال الانجازات المتعددة التي قامت بها الدولة ومن خلال نوعية الخدمات الصحية التي توفرها المنشات المحدثة وعبر تحسن المستوى الصحي للسكان.  فقد انصبت جهود المصالح الصحية آنذاك في انتظار بناء وتشغيل التجهيزات الجديدة ، على توفير خدماتها للقضاء على أمراض الأطفال ومحاربة سوء التغذية المسؤولة عن وفيات الأطفال ، وأمراض أخرى متفشية في المنطقة كأمراض العيون و أمراض الجهاز الهضمي وداء السل. 

كما تم إيفاد بعثات صحية متنقلة إلى عين المكان لتقديم العلاجات الأولية الضرورية وإسداء النصح إلى السكان فيما يتعلق بالنظافة والتغذية ووقاية وصيانة البيئة.  وتهدف السياسة الصحية المتبعة بالأقاليم الجنوبية إلى : 

- تأمين الاكتفاء الذاتي للمنطقة نظرا لابتعادها عن المراكز الصحية الموجودة.
- جعل الخدمات الصحية في متناول أكبر عدد ممكن من المواطنين ، بلائمتها مع الحاجيات النوعية لهذه المنطقة وفق توزيع جغرافي للمنشات ووفق مبدأ مجانية الخدمات الصحية.
- تطوير الطب العلاجي والوقائي تمشيا مع السياسة المتبعة في هذا المجال في مجموع البلاد.
وتتوفر الأقاليم الصحراوية اليوم على نظام استشفائي عصري وغير مركزي يسمح بتلبية حاجيات السكان. وقد تحققت هذه الأهداف على ثلاث مستويات :
- بوضح بنيات صحية مناسبة. 
 - تكوين الطر التي تستجيب لحاجيات المنطقة.
- تنظيم حملات الوقاية.  

فعلى الصعيد الجهوي يشكل المستشفى المرحلة النهائية للمسلسل العلاجي ، بينما تقدم العلاجات الأولية وعمليات التشخيص على مستوى الحي أو المقاطعة بواسطة شبكة من المراكز الصحية والمستوصفات.  

و تجسد التطور الهائل الذي وقع في البنيات الأساسية بالأقاليم الصحراوية في إقامة المصالح الصحية سواء في المدن أو البادية.ففي داخل المدن، انصب الاهتمام بوجه خاص على الأحياء الآهلة بالسكان والتي ظلت محرومة من قبل من كل التجهيزات الصحية.

وتتوفر جهة العيون بوجدور الساقية الحمراء على ثلاثة مستشفبات إقليمية، منها اثنان مدنيان وواحد عسكري بالإضافة إلى 17 مركزا صحيا، ومصحتين خاصتين. وبالنسبة إلى التغطية الصحية للجهة ،تجد 69 طبيبا (52 طبيبا عموميا،و17 طبيبا خاصا) لساكنة تقدر ب 175.669 نسمة، أي طبيبا واحدا لكل 2546 نسمة، و405 سريرا، أي سريرا واحدا لكل 434 نسمة، بينما نجد على الصعيد الوطني طبيبا واحدا لكل 2860 نسمة، وسريرا واحدا لكل 1010 نسمة. وحسب هده الأرقام، فان هده الجهة تعتبر مجهزة مقارنة مع الكثافة الطبية الوطنية.

 ونظرا لعدد سكان العيون المرسى (140.998) فان الكثافة الطبية تبقى بعيدة عن تلبية الحاجيات المتنامية لساكنة يزداد عددها باستمرار، خاصة وان لهذين المدينتين جاذبية وتأثيرا على المناطق المجاورة، لأهميتها الاقتصادية، خاصة في الميدان التجاري، الذي يتألق على امتداد المنطقة الصحراوية. 

أما إقليم السمارة ، فيوفر القطاع الصحي  العام  مستشفى واحد ، وأربع مستوصفات ومركزا صحيا واحدا ، بطاقة إيوائية تصل إلى 67 سريرا ، ـأما التغطية الصحية من الأطر العاملة فيوفر هذا القطاع 3 أطباء اختصاصيين و19 طبيبا عاما و 57 ممرضا

وفيما يخص القطاع الصحي الخاص بنفس الإقليم 3 عيادات طبية و5 قاعات العلاج الطبي و 4 صيدليات و 3 مستودعات للأدوية. أما التأطير الصحي بالإقليم فيصل إلى حوالي طبيب واحد لكل 2630 مواطن.