اعتبارا للدور الهام والحيوي لقطاع النقل في التنمية الشاملة والمستديمة، ووعيا منها بضرورة إنعاش الاقتصاد المحلي بالأقاليم الصحراوية، حرصت المصالح المركزية والجهوية  المسؤولة عن قطاع النقل الأقاليم الصحراوية  على الرفع من ديناميكية كل مكونات هذا المجال حتى يلعب دوره كاملا، لاسيما وأن هذه الأقاليم  بموقعها الجغرافي المتميز وثرواتها الطبيعية الضخمة ، أصبحت تتوفر بفضل مجهودات الدولة على بنية تحتية في مجالات النقل الطرقي، الجوي والبحري، الشيء الذي أدى إلى فك العزلة عن المنطقة وحرك الاقتصاد المحلي وأثر إيجابيا على المستوى المعيشي للفرد من خلال ضمان تنقلات المواطنين وتزويدهم بالسلع الضرورية وتسويق المواد المتنوعة  التي تزخر بها المنطقة.

تتوفر جهة العيون بوجدور الساقية الحمراء على شبكة من الطرقات الوطنية يبلغ طولها 964 كلم، منها 856 معبدة وبكثافة تصل إلى 0.54 كلم 100 كلم² وهي نسبة اضعف بكثير من الكثافة الوطنية التي تبلغ 1.34 كلم 100 كلم²،وتمثل الطرق الإقليمية 580 كلم، منها 92 كلم معبدة. أما طرق الجماعات فيصل طولها إلى 958 كلم منها 162 كلم معبدة فقط.

توجد ثلاثة موانئ بهذه الجهة منها اثنان يشتغلان وهما المرسى و طرفاية أما ميناء بوجدور فهو في طور البناء وتنتمي هذه الموانئ لسلسلة موانئ الصيد البحري التي تطورت بفضل ثرواتها البحرية، وكذا بفضل موقعها الاستراتيجي. إلا أن الأهمية الجهوية تعود لميناء العيون المرسى الذي شيد سنة 1987، للاستجابة للحاجيات المتنامية لقطاع الصيد ونقل الفوسفات فهو ميناء متعدد الوظائف، تصل قيمة حركته التجارية إلى مليوني طن في السنة، ويصدر بالأساس الفوسفات والطحالب ودقيق الأسماك والأسماك المجمدة، ويتوفر هذا الميناء أيضا على منطقة صناعية. 

ويقع ميناء المرسى على بعد 25 كلم من مدينة العيون، ويأوي تجهيزات يرجع تاريخها للعهد الاستعماري الأسباني، وقد أقيمت تلك التجهيزات لكي تلبي، بالخصوص متطلبات تصدير فوسفات بوكراع وبالرغم من ذلك وفي إطار تنمية الأقاليم الصحراوية، وبالخصوص استغلال الثروات البحرية للجهة، قررت الدولة ضمن مخطط 1981 – 1985 بناء ميناء في المياه العميقة سيشكل مركبا مينائيا هاما، انطلاقا من التجهيزات الموجودة سلفا.  

إن تهيئة ميناء بوجدور الجديد ستقوى،في المستقبل ،التجهيزات المينائية للجهة، كما سيؤدي اشتغاله إلى المساهمة في التنمية الاقتصادية لهده المدينة الساحلية .إن هذه المواني هي، بصفة عامة، مميزات ضرورية للجزء الأكبر من التجارة المصدرة من الصحراء المغربية أو المستوردة إليها، وبالخصوص الملاحة التي تظل الوسيلة الأكثر اقتصادا لضمان تزويد هذه المناطق

تتوفر هده الجهة على مطار واحد هو الحسن الأول الذي دشن من طرف الملك الراحل الحسن الثاني، إبان زيارته التاريخية للعيون سنة 1985. ويضمن هذا المطار، حاليا، التنقل جوا في الاتجاهات الرابطة بين العيون و الدار البيضاء، عبر أكادير، وبين الدار البيضاء والداخلة، عبر العيون، وكذا الرحلات الدولية في اتجاه جزر الكناري وفي سنة 1997، بلغ عدد المسافرين، الذين مروا بمطار الحسن الأول 48.498 مسافرا.