Il Sahara marocchino comprende Saguiet El Hamra a nord, e Oued El Dahab, Rio de Oro, a sud. Esso si estende su di una superficie di 266 000 km2, compresi tra il 20° ed il 30° parallelo, è attraversato dal Tropico. Le sue frontiere sono: la regione di Massa Darâa a nord, l'Algeria ad est, la Mauritania ad est ed a sud, e l'oceano Atlantico ad ovest.
I rilievi sono costituiti in gran parte da pianure e da alcuni modesti tavolati che raggiungono raramente i 400 metri d’altitudine. Globalmente, possiamo dividere il Sahara in tre zone piuttosto differenti: la parte Nord-Est, a partire dalle catene dell'Atlante fino alle colline di Zemmour, è costituita da un deserto roccioso (hmada), da montagne scoscese ed un rilievo accidentato. L'acqua è abbastanza rara ad eccezione di alcuni pozzi, cosa che rende la vita difficile.
La seconda zona è quella dei fiumi. È compresa tra l’Oued Draa a nord ed il Jat ad ovest. Questi oued sono piuttosto delle depressioni nelle quali l'acqua scorre durante le brevi stagioni di pioggia (soprattutto in autunno). Queste acque evaporano velocemente a causa delle temperature elevate e non raggiungono mai il mare.
In questa zona dei fiumi scorre il fiume Saguiet El Hamra (il Canale Rosso) che, per la sua importanza, dà il nome a tutta la regione. Lungo i suoi argini e nel suo letto sabbioso cresce una vegetazione sufficiente per l'allevamento.
La terza zona è quella dell'interno e del centro, il Rio de Oro. È costituita da piatti e monotoni “erg” e da dune di sabbia. Il terreno è troppo permeabile per trattenere le acque piovane d’autunno, e troppo piatto per permettere il loro deflusso. L'acqua si accumula nel sottosuolo, si trovano perciò numerosi pozzi.
Il paesaggio è abbastanza monotono all'interno e sul litorale, questa monotonia è rotta solamente dalle penisole di Dakhla, prima Villa Cisneros, e Guera. Il clima è di tipo continentale, arido all'interno con degli inverni molto freddi e secchi, mentre le estati sono molto calde (con una temperatura che raggiunge i 60° C all'ombra) ed umide sulla costa dove si producono spesso delle nebbie e delle rugiade.
Le piogge sono rare sulla costa come all'interno. Dakhla riceve in media solo 45 millimetri di pioggia annui. L'umidità della costa fa in modo che la flora del litorale sia piuttosto abbondante e ricca. All'interno si trova la flora tipica della steppa e del deserto: alcune acacie lungo gli oued, cespugli nelle depressioni sabbiose, mentre superfici immense sono totalmente prive di vegetazione e d’acqua.